L’Université de Liège (ULiège) a développé un test automatisé de détection du SARS-CoV-2, virus responsable du Covid-19. La technique mise au point permet d’ores et déjà d’augmenter de 2000 tests la capacité quotidienne de détection du coronavirus à Liège et permet de fournir un résultat fiable en une demi-journée. Il s’agit d’un test automatisé, moins dépendant de réactifs en risque de pénurie un peu partout dans le monde (les demandes commencent à affluer au Sart-Tilman), et nécessitant un nombre réduit d’opérateurs. Il permet de détecter les porteurs du virus, qu’ils soient malades ou porteurs asymptomatiques.
Dès le 22 mars, la communauté GIGA a pris l’initiative de créer un groupe de travail Covid-19 en étroite collaboration avec le CHU de Liège et le FARAH. C’est une task force composée de neuf des meilleurs chercheurs de l’ULIège travaillant sous la houlette du vice-recteur chargé de la recherche, Fabrice Bureau, qui s’est mobilisée: des chimistes et surtout des biologistes moléculaires de la faculté vétérinaire. Ils ont également bénéficié de l’aide de la KULeuven qui leur a fourni plusieurs centaines d’échantillons à l’aveugle contenant ou pas le coronavirus afin de pouvoir valider leur technique, jugée fiable à 95%.
Les laboratoires qui ont mis au point cette méthode sont maintenant adossés au laboratoire de microbiologie clinique du CHU de Liège pour la réalisation des tests locaux, mais vont aussi être impliqués dans le dépistage de masse, à commencer par le dépistage systématique dans les homes où l’on retrouve de nombreuses personnes à risques.
Le gouvernement a d’ailleurs commandé la production de 40 à 50.000 réactifs par jour pour alimenter les machines de test des cinq centres de référence pour le dépistage du SARS-CoV-2. Il s’agit de UCB, GSK et Janssens Pharmaceutica, mais aussi de la KUL et de l’ULiège qui vont vont pouvoir faire ensemble 10.000 ou 20.000 dépistages par jour en utilisant les réactifs qui sont en train d’être fabriqués à l’université de Liège.
La technique en détails:
1re étape : l’inactivation du virus.
Le matériel présent dans le tube de prélèvement (écouvillon) est mis en contact avec des produits chimiques et des enzymes. Cette étape vise à inactiver le virus tout en préservant certains de ses composants (matériel génétique), afin de pouvoir le détecter dans la suite de la procédure. Cette opération doit être réalisée dans des laboratoires de haute sécurité de type L2 ou L3.
2e étape : l’extraction du virus
Le SARS-CoV-2 est un virus à ARN, son génome ne contient pas d’ADN. Cette étape vise à extraire l’ARN viral. Les méthodes actuelles d’extraction sont soit manuelles et exigent du temps et un personnel nombreux, soit automatisées et reposent sur l’utilisation de réactifs dont l’approvisionnement n’est plus garanti. C’est cette étape qui était limitante et freinait considérablement la réalisation des tests de dépistage. Des chercheurs du GIGA, du FARAH, du GreenMat/CESAM de l’ULiège et du CHU de Liège ont uni leurs forces pour rendre cette étape plus rapide, automatisée et indépendante des réactifs commerciaux.
3e étape : la conversion de l’ARN en ADN, et l’amplification de l’ADN
Après avoir extrait l’ARN, celui-ci est converti en ADN, puis celui-ci amplifié un grand nombre de fois afin d’être détectable. Cette étape recourt à la technique qRT-PCR. L’ARN est d’abord rétrotranscrit (RT) en ADN grâce à une enzyme (transcriptase inverse), puis amplifié par une PCR (réaction en chaîne par polymérase) quantitative (q). Grâce à la méthode utilisée, la genèse de chaque copie de l’ARN viral SARS-CoV-2 est associée à l’émission de fluorescence, ce qui permet au final de confirmer si l’échantillon est positif ou négatif.
Hormis l’étape 1 d’inactivation qui requiert un plus grand nombre de personnes se relayant dans les laboratoires L2 et L3, les deux autres étapes ne requièrent la présence simultanée que de 4 personnes.
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